Происхождение кварца - гидротермальное. Кварц осаждался из отстывающих растворов в полостях и трещинах брекчированных доломитовых известняков.
(подробнее в описании месторождения Анахи)
Предполагается, что желтую окраску цитрина дает наличие Fe3+, а фиолетовую Fe4+.
Возможно, что Fe3+ постепенно окислялся до Fe4+ под воздействием радиации от калия-40, содержащегося в окружающих породах.